1、农业生态环境得到保护，零面源污染。
没有健康的生态农业，生态农业无从谈起。事实上，关键的农业害虫和杂草都是自然物种。如果它们能干扰物理方法的控制，尽量不要用化学方法。如果他们能恢复生态平衡，对产量没有明显影响，尽量减少人为干预，既节约了人力成本，又保护了生态环境。生态农业可以使用少量农药，主要是应急使用。可以少量使用化肥，但化肥利用效率高，用量少。根据我们之前的研究，如果发展生态农业，目前停用90%以上的农药和50%以上的化肥，对产量影响不大。
2、品质高，口感好，农药残留少或零农药残留。
由于前期投入的化学品少，尽可能多的使用可生物降解的生物农药或低毒农药，再加上大自然的自净能力，以及大量的有机肥，这样的农产品口感好，也就是很多50-70年代出生的孩子的口感。最终产品能经得起农药残留的检测。如果农产品后期检测出多种农药残留，那根本不能称之为生态农业。
3.单位土地经济效益高。
目前由于粗放的化学养殖，虽然产量比较高，但是价格便宜，有时候市场会烂在地里，造成资源的严重浪费。提高经济效益有两种方式，一种是继续扩大土地规模，但质量不提高，价格不变，让经营者有利可图；要么提高产品质量，提高价格，生态农业不减产，一亩地的效益等于几亩地。在这种情况下，对消费者和生产者都是好事。前者购买安全食品以保护自己和家人的健康，而后者增加了收入，更愿意投资于土地上的优质劳动力。
4.种养结合，多样化种植，间作套种，立体种植。
这是生态农业最大的优势。大量的生态肥来自系统本身，六畜兴旺，五谷丰登。在少量的土地面积上，可以提供大量的食物种类。豆科与禾本科植物间作，可以直接利用空气中的氮源，还可以实现立体种植。农业中生态食品的多样性是其他农业方式无法比拟的。物种多样性丰富，系统就稳定，抗风险能力就高。据估计，北方一千人左右的存在可以提供近百种食物，而美国的农业模式在数百甚至数千平方公里内只能生产一两种食物，要么是玉米，要么是小麦。不说间作套种，就是连作也不行。他们的农业一点都不吃香，几十平方公里很难见到一个人。
5.生态农业高产。
生态农业产量不低。因为土地是用来养地的，摄入的养分都是靠有机肥或者少量化肥来补充。更重要的是，由于化学物质少，土壤动物和土壤微生物丰富，这些生物间接释放土壤中的矿物质供植物根系吸收。在这种模式下，如果长期剧情坚持下去，收益率会稳步上升。
6.水分和养分利用率高。
由于生态农业尊重动植物的生长规律，因地制宜，根据农业的气候特点安排种植和养殖，注重顺应自然规律，遵守二十四节气中的农时，其水分和养分利用效率高。此外，随着动物的饲养，可以利用农村的饭菜下脚料和农作物秸秆，从而提高资源利用效率。要实现这一切，人必须得受欢迎，而人在其中起着非常大的作用。
7.让动物开心，少生病，少吃药，少用抗生素。
阿格里库
按照现代农业模式，每年每公顷二氧化碳当量为2.7吨，而有机农业的二氧化碳净吸收量为8.8吨。也就是说，减少化肥的使用，增加耕地的有机质，可以把温室气体埋到地下，这是生态农业的副产品。
9.生态农业可以充分促进农民就业。
因为物美价廉，加上优美的生态环境，对都市人很有吸引力。农业元素很容易变成商业元素，从养殖到种植，从收获到加工，从加工到销售，从餐饮到观光，从保健到养生到养老。村庄可以就地城市化，吸引农戴尔、大学生二代，甚至城市精英就业。这样，全国400万个村，如发展生态农业，可能成为新的经济增长点。