2016年中央一号文件指出，促进农业可持续发展，要树立发展绿色农业就是保护生态的理念，加快形成资源利用高效、生态系统稳定、产地环境良好、产品质量安全的农业发展新格局。将“发展绿色农业”与“保护生态”联系起来，成为一个亮点。
耕地质量是发展绿色农业的基础，森林、湿地、草原是农业生产的生态保障。近年来，中国在保护耕地、森林、湿地和草原方面做了大量工作。林业部门实施京津风沙源治理、退耕还林、天然林保护等重点工程，建立全国荒漠化监测体系，建立生态公益林补偿机制，实施草原生态奖补政策，实现了荒漠化面积10年净减少，年均减少2491平方公里，实现了从“沙进沙退”到“人进人退”的重大转变。遭受沙尘暴袭击的“三北”地区粮食产量由“低而不稳”向“稳而高产”转变，亩产增加200多公斤。
耕地质量方面，农业部门大力推进测土配方施肥、水肥一体化、深耕深松，控制化肥农药施用量，控制重金属和有机质对土壤的污染，力争到2020年耕地地力提高0.5个等级，土壤有机质含量提高0.5个百分点；畜禽有机肥资源利用率达到60%，秸秆资源利用率和残膜回收率基本达到80%以上；农田酸化、盐渍化和重金属污染问题得到有效控制。
“农业部的调查数据显示，近五年来，我国粮食、蔬菜、水果产量大幅增长。如果按照单位产量的养分吸收量计算，这些农产品需要投入580万吨氮、磷、钾养分。按照目前的化肥利用率，还需要增加1940万吨化肥。但由于测土配方施肥的普及，全国化肥施用量仅增加了795.46万吨。”农业部国家农业技术中心节水农业技术处处长高说。
客观地说，近年来，为了保护农业生态，农林部门做了大量工作，取得了不少成绩，但我国农业生态问题依然严重。国家林业局局长张建龙告诉记者，近10年来，中国沙化土地和沙化土地面积从2004年开始连续10年减少，但沙区无序开发建设现象严重。围沙填海、过度放牧、过度开采水资源等问题十分突出。五年来，沙区耕地和沙化土地面积分别增加了3.60%和8.76%。2014年，牧区县平均牲畜超载率达到20.6%。与此同时，内陆湖泊面积不断缩小，河流不时断流，地下水位逐年下降。
“据调查，目前我国中重度污染耕地约5000万亩，化肥年施用量超过4100万吨，污水灌溉农田面积超过330万公顷，都在污染土壤。值得注意的是，当前土壤污染已经从工业向农业、从城市向农村、从地表向地下、从上游向下游扩散。加强土壤污染防治势在必行。”中国科学院发展研究中心资源与环境政策研究所专家吴平说
如何落实一号文件的要求？张建龙说，必须加大力度打击乱采滥挖和砍伐森林等非法活动，而不是同时摧毁它们。到“十三五”末，要治理沙化土地1000万公顷，全国森林覆盖率提高到23.04%，为农业生产提供强大的生态屏障。
农业部种植业管理司司长曾延德表示，要突出“四字”的要义，即“改、耕、护、控”:“改”就是改良土壤，主要是改良土壤性质，消除酸化、盐碱化等障碍；“耕”就是提高土壤肥力，主要是增加有机质的含量，包括增加贫瘠土壤的肥力；“保”即保水保肥，通过测土配方施肥，包括推进水肥一体化、深耕深松，保持耕地的肥力和水力；“控制”就是控制化肥农药的施用量，还要控制农药残留，进而控制重金属和有机物对土壤的污染。
“要对全国的土壤环境质量进行科学、准确、差别化的管理和监测，从而进行更有针对性的修复。污染严重的农田可以封闭，达标后再利用，也可以将种植用地改为其他用地。轻度污染的农田可以种植不易吸收污染物的粮食，或者改种经济作物。”武平说。